Cílem novely je také nastartování rozvoje zatím marginálního sektoru výroby biometanu. Počítá se s tím, že vzniknou nové biometanové stanice, a že některé stávající bioplynové stanice projdou konverzí na biometanovou stanici.

Způsob podpory biometanu se v principu neliší od systému podpory elektřiny z OZE. Podpora bude poskytována formou zeleného bonusu na biometan v ročním režimu a při měsíčním zúčtování. Jeho výši bude stanovovat ERÚ v cenovém rozhodnutí tak, aby bylo za dobu životnosti biometanové stanice dosaženo diskontované doby návratnosti. Dobu životnosti výrobny určí vyhláška. Zákon dále stanoví strop výše podpory. Na rozdíl od původní verze novely, kdy byl strop určen arbitrárně na 1 700 Kč/MWh, je ve schváleném textu novely zvolen flexibilnější přístup. Maximální podpora v době uvedení biometanové stanice do provozu tak může činit pětinásobek průměrné ceny plynu na vnitrodenním trhu OTE stanovený jako průměr z hodnot ročních vážených průměrných cen za kalendářní rok v posledních třech letech.

Podpora zeleným bonusem na biometan je vázána na splnění několika podmínek. Zásadně je nutné provozovat biometanovou stanici na základě licence pro výrobu plynu. Biometan musí také splnit požadavky na kvalitu a odorizaci, kritéria udržitelnosti pro paliva z biomasy a úspory skleníkových plynů a využívat biomasu vyhrazeného druhu a parametrů. Konkretizaci těchto podmínek provedou vyhlášky.

V případě, že chce výrobce biometanu vtláčet biometan do plynárenské soustavy, má provozovatel přepravní nebo distribuční soustavy povinnost přednostně výrobnu připojit v nejbližším místě připojení. Další možností distribuce vyrobeného biometanu je dodávka do čerpací stanice nebo výdejní jednotky přímo připojené k výrobně. Ve všech případech je předpokladem pro uplatnění zeleného bonusu na biometan zajištění měření a předání úplných a pravdivých naměřených hodnot operátorovi trhu elektronickou formou.

Biometan je nezbytné vyrábět ze surovin vymezujících pokročilý biometan. Podíl těchto surovin musí být alespoň 45 %. V případě konverze z bioplynové stanice činí podíl těchto surovin minimálně 35 %. Podrobnosti opět určí prováděcí vyhláška. Surovinami pro pokročilý biometan jsou v zásadě odpady - gastroodpady, odpadní vody nebo statková hnojiva.

Pokročilý biometan se bude v prvé řadě využívat v dopravě pro naplnění klimatických cílů.